Obok Wiednia głównym ośrodkiem architektonicznym w państwie habsburskim była Praga. Jeszcze przed pokojem westfalskim jest tam dość żywy ruch budowlany – przebywają okresowo nawet wybitni architekci włoscy, jak Vincenzo
Scamozzi i Andrea Spezza. Pierwszy z nich sporządza plany przebudowy otoczenia Zamku Hradczańskiego, drugi jest twórcą słynnego pałacu Wallensteina. Jednakże twórczość tych architektów, jak i innych działających w pierwszej połowie XVII w., trudno zaliczyć do baroku – przeważają w niej zdecydowanie elementy manierystyczne. Dopiero druga połowa stulecia przynosi wzmożone tempo budownictwa barokowego – zarówno architektury pałacowej, jak i sakralnej. Rzecz charakterystyczna: wśród czołowych architektów, działających w tym czasie w Czechach i na Morawach w ogóle, a w Pradze w szczególności, nie ma już prawie zupełnie Włochów, natomiast rolę przodującą odgrywają architekci wiedeńscy, bawarscy i miejscowi.
Jedną z pierwszych prac znanego nam już Fischera von Erlach była całkowita przebudowa zamku Frain na Morawach (w latach 1690-1695). Na uwagę zasługuje tu architektura wnętrza, zwłaszcza tzw. Sali Przodków, dekorowanej parzystymi pilastrami korynckimi, między którymi mieszczą się francuskie okna sięgające posadzki. Jest to sala monumentalna, zdradzająca tendencje klasycystyczne, mające swe źródło w antyku rzymskim. W samej Pradze zaprojektował Fischer pałac Clam-Gallasów (w 1707 r.), różniący się od wiedeńskich budowli tego architekta wywyższeniem ryzalitów ponad gabaryt dachów. Dużą rolę w architekturze tej rezydencji odgrywa rzeźba dekoracyjna i figuralna (dwie pary atlantów dźwigających balkon nad portalem, postacie chłopców podtrzymujących latarnie na klatce schodowej).
