W roku 1699 powierzono mu kierownictwo budowy Zamku Elektorskiego (później Królewskiego) w Berlinie. Schlüter zaprojektował wielki, masywny gmach, którego monotonii nie przerywają nawet dwa pseudoportyki czterokolumnowe elewacji frontowej (o kolumnach tych powiedziano, że „stoją w przepisowym odstępie, jak żołnierze na warcie”). Bardziej udany jest dziedziniec z okalającymi go skrzydłami, których elewacje wewnętrzne, opatrzone zresztą niefunkcjonalnymi kolumnami, są znacznie lżejsze, przypominające architekturę francuską. Jak można wnioskować, Schlüter, wychowany przez Tylmana na klasycyzującym baroku, dokształcony w tym kierunku w czasie pobytu we Francji — przy budowie zamku był krępowany wolą dysponenta. Jeżeli architektura wnętrz zamkowych i dziedzińca zdaje się wykazywać pewną swobodę twórczości architekta, to reprezentacyjna fasada południowa (il. 100) zdradza już wyraźnie „gust fryderycjański”. Jakoż stała się ona prototypem dla późniejszej architektury berlińskiej, która w ciągu XIX w. odznaczać się będzie specyficznie pruską ciężkością.
Zresztą, Schlüter nie dokończył budowy zamku. Na podobieństwo Chiaveriego padł on ofiarą intryg ze strony kolegów berlińskich (był szefem tzw. polskiej partii) i w roku 1706 utracił stanowisko architekta nadwornego. -Jakiś czas jeszcze mieszkał w Berlinie, przyjmując zamówienia prywatne. Wzniesiony przezeń piękny, lekki, wytworny pałacyk dla ministra von Kamecke (w latach 1711-1712) jest zupełnym zaprzeczeniem ponurego gmachu zamkowego i świadczy o możliwościach architekta nie krępowanego wolą mecenasa. W roku 1713 na zaproszenie Piotra I wyjechał Schlüter do Petersburga w charakterze architekta. Zaprojektowane tam przez niego budowle, jak wykazały nowsze badania, zdradzają bliskie związki z późno- barokową architekturą Warszawy.
Za czasów następnego króla pruskiego, Fryderyka Wilhelma I, zwanego pospolicie feldfeblem, ruch budowlany został zahamowany, a jedynie urbaniści wytyczali nowe place (m. in. Pariser Platz), przesądzając dalszy rozwój miasta. Dopiero za
Fryderyka II wzmoże się niezwykle ruch artystyczny, związany przede wszystkim z rezydencją królewską w Poczdamie, lecz sztuka tego okresu wypowie się już w stylu rokoka.
