W Pradze zbudował też bądź przebudował w stylu barokowym kościoły: św. Jana Nepomucena na Hradczanach, św. Bartłomieja, św. Jana na Skałce, św. Katarzyny, św. Mikołaja na Starym Mieście, św. Karola Boromeusza, św. Tomasza i św. Mikołaja na Małej Stranie oraz klasztory loretański i elżbietanek. Jak i Prandtauer, umiał Dientzenhofer zestroić architekturę z pejzażem. Jego kościoły położone na lewym, wyniosłym brzegu Wełtawy, stanowią do dziś piękne akcenty widokowe.
Zatrzymamy się krótko na kilku tylko przykładach. Kościoły św. Mikołaja na Starym Mieście i św. Jana na Skałce mają fasady dwuwieżowe, przy czym pierwsza z nich wyraźnie współgra z ośmioboczną kopułą o spłaszczonej czaszy. Kościół św. Mikołaja na Małej Stranie ze względu na usytuowanie otrzymał dwa akcenty pionowe, skomponowane na zasadzie kontrastu, lecz tworzące doskonałe efekty urbanistyczne: ciężką, na wysokim bębnie opartą kopułę i lekką, strzelistą dzwonnicę. Fasada klasztoru loretańskiego jest jakby wielką kurtyną przesłaniającą założenie klasztorne, zaakcentowaną pośrodku przez wysoką wieżę zegarową z barokowym hełmem.
Dientzenhofer budował wiele kościołów i na prowincji (m. in. w Karlovych Varach), w tym nawet na Dolnym Śląsku. On to był projektantem elipsoidalnego kościoła benedyktynów na Legnickim Polu (w miejscu słynnej bitwy z Tatarami) i przypuszczalnym twórcą monumentalnego kościoła cystersów w Krzeszowie.
Oprócz Dientzenhofera pracowało w Czechach w dobie późnego baroku wielu innych architektów. Jednym z wybitniejszych był Francuz, Jean Baptiste Mathey z Dijon, który dwadzieścia lat (1675-1695) spędził w Pradze, projektując wiele obiektów pałacowych i sakralnych: pałace – Troja, Buąuoy i Toscana: kościoły – św. Józefa i Krzyżowców, ten drugi o wielkiej kopule w charakterze dominanty. Na uwagę zasługuje pałac Troja, zwłaszcza jego fasada ogrodowa ze schodami ozdobnymi mnóstwem rzeźb figuralnych (ił. 94).
